Çevresel DNA (eDNA) Analiz Laboratuvarı
eDNA, bir organizmanın çevresine bıraktığı gamet, ölü deri hücreleri, dışkı, idrar, mukoza gibi su, çökelti veya toprak örnekleriyle ortamdan toplanabilen genetik materyali (nükleer, mitokondriyal veya kloroplast DNA) ifade eder. eDNA, doğal ortamlardan alınan örneklerdeki genetik materyali analiz ederek çevresel değişiklikleri ve biyolojik çeşitliliği ortaya çıkarmak, geleneksel ekolojik araştırma yöntemlerini güçlendirmek veya yönlendirmek için kullanılabilen bilimsel bir yöntemdir. eDNA uygulamaları, zaman alıcı ve yoğun emek gerektiren, tespiti zor olan veya düşük popülasyon bolluğuna sahip türlerin dağılımını belirleme konusunda geleneksel yöntemlere kıyasla yüksek hassasiyet ve doğrulama yeteneği sunar. Bu nedenle, eDNA yöntemleri biyolojik çeşitlilik ve ekosistem sağlığı hakkında daha güvenilir bilgiler elde etme konusunda önemli bir araçtır.
Çevresel DNA Laboratuvarı'nın kuruluş amacı sularımızdaki zararlı alg artışları (HAB), biyotoksin üreticileri ve algal toksinlerin moleküler karakterizasyonu üzerine PCR-temelli klonlama, yeni nesil dizileme, filogenetik, metagenomik ve çevresel DNA (eDNA) analizi konularında araştırmalar yapmaktır. Türkiye'de ilk kez bentik dinoflagellatlar üzerine moleküler ve toksikolojik karakterizasyona dayalı çalışmalar laboratuarımızda yürütülen araştırma projeleri ile gerçekleştirilmektedir.
İşbirlikleri ve Projeler:
İ.Ü. Deniz Bilimleri Enstitüsü, İ.Ü. Fen Fakültesi ile yurt içi; Alfred Wegener Kutup ve Deniz Araştırmaları Enstitüsü (Almanya). TÜBİTAK ve BAP destekli Ar-Ge projeleri yürütülmektedir.
- Batı Karadeniz, Marmara Denizi ve Ege Denizi'nin Kuzeyinde Bentik / Epifitik Dinoflagellatların Morfolojik, Moleküler ve Toksikolojik Karakterizasyonu (TÜBİTAK 121Y389).
- Mikroalg-Bakteri Mikrobiyomunun Müsilaj Oluşumu Ve Biyokütle Üretimine Etkisi (TÜBİTAK 12G028).
- Kuzeydoğu Marmara Denizi'nde Bulunan Potansiyel Zararlı ve/veya Toksik Fitoplankton Türlerinin Morfolojik, Genetik ve Toksikolojik Özelliklerinin Belirlenmesi (122Y440).
Türkiye'nin Kıyı Sularında ve Kutup Bölgelerinde Bulunan Zararlı Mikroalg Türlerinin ve Bu Türlerin Ürettikleri Toksinlerin Değerlendirilmesi (Habtupore) (TÜBİTAK 123N588).
- Türk Kıyı Sularından İlk kez Saflaştırılarak Plankton Kültür Koleksiyonuna Katılan Dinoflagellat Türlerinin Taramalı Elektron Mikroskobu ile Belirlenmesi (İ.Ü. BAP FBA-2023-40242).
İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi, Astronomi ve Uzay Bilimleri Bölüm Binası -1 Kat, 34119 Beyazıt Kampüs Fatih / İstanbul
Toplam kullanılan BAP Kaynağı: 67.716,00 TL Environmental DNA (eDNA) Analysis Laboratory
eDNA refers to the genetic material (nuclear, mitochondrial or chloroplast DNA) that can be collected from the environment by water, sediment or soil samples such as gametes, dead skin cells, feces, urine, mucosa that an organism leaves in its environment. eDNA is a scientific method that can be used to reveal environmental changes and biodiversity by analyzing genetic material in samples taken from natural environments, and to strengthen or direct traditional ecological research methods. eDNA applications offer high sensitivity and confirmatory ability compared to traditional methods for determining the distribution of species that are difficult to detect or have low population abundance, which is time-consuming and labor-intensive. Therefore, eDNA methods are an important tool for obtaining more reliable information about biodiversity and ecosystem health.
The purpose of establishing the Environmental DNA Laboratory is to conduct research on harmful algal blooms (HABs), biotoxin producers and molecular characterization of algal toxins in our waters, PCR-based cloning, next generation sequencing, phylogenetics, metagenomics and environmental DNA (eDNA) analysis. For the first time in Turkey, studies based on molecular and toxicological characterization on benthic dinoflagellates are carried out through research projects carried out in our laboratory.
Collaborations and Projects:
I.U. Institute of Marine Sciences, I.U. Domestic with the Faculty of Science; Alfred Wegener Institute for Polar and Marine Research (Germany). R&D projects supported by TÜBİTAK and BAP are carried out.
- Morphological, Molecular and Toxicological Characterization of Benthic / Epiphytic Dinoflagellates in the Western Black Sea, Marmara Sea and Northern Aegean Sea (TÜBİTAK 121Y389).
- Effect of Microalgae-Bacteria Microbiome on Mucilage Formation and Biomass Production (TÜBİTAK 12G028).
- Determination of Morphological, Genetic and Toxicological Characteristics of Potential Harmful and/or Toxic Phytoplankton Species Found in the Northeast Marmara Sea (122Y440).
Evaluation of Harmful Microalgae Species Found in Coastal Waters and Polar Regions of Turkey and the Toxins Produced by These Species (Habtupore) (TÜBİTAK 123N588).
- Determination of Dinoflagellate Species Purified from Turkish Coastal Waters for the First Time and Added to the Plankton Culture Collection by Scanning Electron Microscopy (I.U. BAP FBA-2023-40242).
İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi, Astronomi ve Uzay Bilimleri Bölüm Binası -1 Kat, 34119 Beyazıt Kampüs Fatih / İstanbul, Türkiye
Total resource (BAP): 67.716,00 TL