Yüksek başarımlı sunucu bilgisayarların bütünleşik bir küme yapısı
oluşturacak biçimde bir araya getirilmesi ile oluşturulmuş olan bu hesaplama ortamında
bilimsel önemi olan moleküllerin yapısal ve spektroskopik özellikleri, onların
ortamla olan etkileşmeleri Kuantum Mekaniksel hesaplamalara dayalı moleküller
simülasyonlar yoluyla teorik incelenmektedir; bu incelemeler ağırlıklı olarak
ilaç etken maddesi olarak kullanılmakta olan molekül yapıları üzerinde
yürütülmektedir.
Kuantum mekaniksel hesaplamalara dayanan Moleküler Simülasyon yöntemi,
günümüzde moleküllerin yapısal ve kimyasal özelliklerinin aydınlatılmasında en
etkili ve güvenilir yollarından birisi olarak kabul edilir. Yüksek başarımlı hesaplama
(HPC) ortamında, Semi emprical, Ab-initio ve Density Functional Theory sınıfında yer alan hesaplama metodları kullanılarak gerçekleştirilen hesaplamalar
incelemeye konu olan moleküllerin üç boyutlu uzaysal yapılarını, molekül içi yük
dağılımlarını, molekül içi ve moleküller arası yük transferlerini ve
etkileşmeleri, moleküllerin spektral özelliklerini ve yapı-fonksiyon
ilişkilerini doğru ve detaylı olarak belirleme imkanı sağlamaktadır.
Yukarıda belirtilen moleküler özellikler, anabilim dalımızdaki Moleküler
Simülasyon Laboratuvarında bulunan, bir master sunucu ve buna bağlı yedi
hesaplama sunucusundan (işlemci tipleri : Intel-itanium ve Amd-opteron) oluşan
HPC sisteminde, Gaussian03 isimli bilgisayar yazılımı kullanılarak başarılı
biçimde analiz edilebilmektedir. Bu HPC
sistem, Linux işletim sistemini kullanan, paralel hesaplama özelliğine sahip bütünleşik
bir yapı olup, orta boyutlu moleküllerin modellenmesi amacıyla tasarlanmıştır
ve kanser ilaçları içinde etken madde olarak kullanılan
moleküllerin yapısal ve spektroskopik özelliklerinin aydınlatılması amacıyla yürütmekte olduğumuz
bilimsel çalışmalarımızda yoğun ve kesintisiz bir biçimde kullanılmaktadır.
On this high computing platform which was designed as a cluster by collecting a number of server computers, the structural and spectroscopic properties of the molecules with scientific value and their interactions with the other molecules in the medium can be investigated by means of molecular simulations based on quantum mechanical calculations; these investigations have been proceeded mainly on the molecular structures used as drug-effective material.
The Molecular Simulation method, which is based on quantum mechanical calculations, is known as one of the most effective and reliable methods in the elucidation of the structure and chemical properties of molecules. Calculations peformed on a high computing platform (HPC) by using the electronic structure calculation methods classified as Semi emprical, Ab-initio and Density Functional Theory can enable us to correctly and detailedly determine the conformational structures, charge distributions, intermolecular and intramolecular charge transfers and interactions of the molecules under investigation as well as the structure-fonction relations for them.
The molecular properties mentioned above can be succesfully analized on the HPC system located in our division, which consists of a management server and seven computing servers connected to it (cpu types : Intel-Itanium and Amd-opteron) and includes the Gaussian03 software. This HPC system, which is a compact system using the Linux operating system and having the capability of peforming parallel computation, has been designed for modeling the medium-sized molecular structures and are very intensively utilized in the research studies that we proceede to ellucidate the structural and spectroscopic properties of the molecules used as drug-effective materials in the canser drugs.
Cihaz Adı : KVM SWITCH Marka : belirtilmemiş. Model : belirtilmemiş. Teknik Özellik : Yüksek Başarımlı Küme Bilgisayar Sistemi içinde bulunan sunucu bilgisayarların tek bir monitör ve klavye üzerinden yönetimini sağlayan ağ cihazıdır. Miktar : 1 Cihaz Kaynağı : BAP |
Cihaz Adı : ETHERNET SWITCH Marka : belirtilmemiş Model : belirtilmemiş Teknik Özellik : 8 Port ; Yüksek Başarımlı Küme Bilgisayar Sistemi içinde bulunan sunucu bilgisayarları birbirine entegre eden ve internete erişim sağlayan ağ cihazıdır. Miktar : 1 Cihaz Kaynağı : BAP |
Cihaz Adı : ETHERNET SWITCH Marka : belirtilmemiştir Model : belirtilmemiştir. Teknik Özellik : 24 Port ; Yüksek Başarımlı Küme Bilgisayar Sistemi içinde bulunan sunucu bilgisayarları birbirine entegre eden ve internete erişim sağlayan ağ cihazıdır. Miktar : 1 Cihaz Kaynağı : BAP |
Cihaz Adı : Hesaplama Sunucusu Marka : Hewlett Packard (HP) Model : HP Proliant DL585 G2 Teknik Özellik : Aralıksız hesaplama (Non-stop computing) , paralel hesaplama özelliği, 75 GB disk ve 8 GB bellek kapasitesi, RAID Hot plug disk yapısı. Dış ortama kapalı güvenli kabuk sistemi (ssh). Red Hat Linux AS 5 İşletim sistemi. Miktar : 1 Cihaz Kaynağı : BAP |
Cihaz Adı : Hesaplama Sunucusu Marka : Hewlett Packard (HP) Model : HP Proliant DL585 G2 Teknik Özellik : Aralıksız hesaplama (Non-stop computing) , paralel hesaplama özelliği, 75 GB disk ve 8 GB bellek kapasitesi, RAID Hot plug disk yapısı. Dış ortama kapalı güvenli kabuk sistemi (ssh). Red Hat Linux AS 5 İşletim sistemi. Miktar : 1 Cihaz Kaynağı : BAP |
Cihaz Adı : Hesaplama Sunucusu Marka : Hewlett Packard (HP) Model : HP Proliant DL585 G2 Teknik Özellik : Aralıksız hesaplama (Non-stop computing) , paralel hesaplama özelliği, 75 GB disk ve 8 GB bellek kapasitesi, RAID Hot plug disk yapısı. Dış ortama kapalı güvenli kabuk sistemi (ssh). Red Hat Linux AS 5 İşletim sistemi Miktar : 1 Cihaz Kaynağı : BAP |
Cihaz Adı : Hesaplama Sunucusu Marka : Hewlett Packard (HP) Model : HP Integrity RX6600 Teknik Özellik : Aralıksız hesaplama (Non-stop computing) , paralel hesaplama özelliği, 600 GB disk ve 200 GB bellek kapasitesi, RAID Hot plug disk yapısı. Dış ortama kapalı güvenli kabuk sistemi (ssh). Red Hat Linux AS 5 İşletim sistemi. Miktar : 1 Cihaz Kaynağı : BAP |
Cihaz Adı : Hesaplama Sunucusu Marka : Hewlett Packard (HP) Model : HP Integrity RX2660 Teknik Özellik : Aralıksız hesaplama (Non-stop computing) , paralel hesaplama özelliği, 300 GB disk ve 32 GB bellek kapasitesi, RAID Hot plug disk yapısı. Dış ortama kapalı güvenli kabuk sistemi (ssh). Red Hat Linux AS 5 İşletim sistemi. Miktar : 1 Cihaz Kaynağı : BAP |
Cihaz Adı : Hesaplama Sunucusu Marka : Hewlett Packard (HP) Model : HP Integrity RX2660 Teknik Özellik : Aralıksız hesaplama (Non-stop computing) , paralel hesaplama özelliği, 300 GB disk ve 32 GB bellek kapasitesi, RAID Hot plug disk yapısı. Dış ortama kapalı güvenli kabuk sistemi (ssh). Red Hat Linux AS 5 İşletim sistemi. Miktar : 1 Cihaz Kaynağı : BAP |
Cihaz Adı : Hesaplama Sunucusu Marka : Hewlett Packard (HP Model : HP Integrity RX2660 Teknik Özellik : Aralıksız hesaplama (Non-stop computing) , paralel hesaplama özelliği, 300 GB disk ve 32 GB bellek kapasitesi, RAID Hot plug disk yapısı. Dış ortama kapalı güvenli kabuk sistemi (ssh). Red Hat Linux AS 5 İşletim sistemi. Miktar : 1 Cihaz Kaynağı : BAP |
Cihaz Adı : Yönetim Sunucusu Marka : Hewlett Packard (HP) Model : HP Proliant DL 380 Teknik Özellik : Aralıksız hesaplama (Non-stop computing) , paralel hesaplama özelliği, 600 GB disk ve 8 GB bellek kapasitesi, RAID Hot plug disk yapısı. Dış ortama kapalı güvenli kabuk sistemi (ssh). Red Hat Linux AS 5 İşletim sistemi. Miktar : 1 Cihaz Kaynağı : BAP |
Cihaz Adı : RACK KABIN Marka : Hewlett Packard (HP) Model : belirtilmemiş. Teknik Özellik : Yüksek Başarımlı Küme Bilgisayar Sistemi içinde bulunan sunucu bilgisayarları ve ağ cihazlarını içinde barındıran siyah renkli dış kasadır. Miktar : 1 Cihaz Kaynağı : BAP |
Adı | Açıklama | Ekip |
---|---|---|
No records found. |
Adı | Açıklama | Ekip |
---|---|---|
No records found. |
Adı | Açıklama | Ekip |
---|---|---|
No records found. |
Adı | Açıklama | Ekip |
---|---|---|
No records found. |
Adı | Açıklama | Ekip |
---|---|---|
No records found. |
Tip | Adı | Açıklama | Ekip |
---|---|---|---|
Proje (BAP) | Bazı Biyolojik Aktif Moleküllerin Konformasyon Analizi ve Titreşim Spektrumlarının İncelenmesi | Normal Kapsamlı Araştırma Projesi | Yürütücü: Doç.Dr. Yasemin Akkaya Yardımcı Araştırmacılar: Doç. Dr. Kubilay Balcı, Prof.Dr. Elif Akalın |
Proje (BAP) | Isoniazid N-Asetil Isoniazid ve Minoksidil Moleküllerin Titreşim Frekans ve Kiplerinin Kuantum Kimyasal Yöntemlerle İncelenmesi | Normal Kapsamlı Araştırma Projesi | Yürütücü: Prof.Dr. Elif Akalın |
Proje (BAP) | Dopamine, protease, cholinesterase ve cyclooxygenase grubu bazı enzim inhibitörlerinin yapı-fonksiyon ilişkisinin teorik ve deneysel spektroskopik yöntemler ile incelenmesi | Normal Kapsamlı Araştırma Projesi | Yürütücü: Doç.Dr. Kubilay Balcı Yardımcı Araştırmacılar: Doç.Dr. Yasemin Akkaya, Prof.Dr. Elif Akalın |