Yüksek başarımlı sunucu bilgisayarların bütünleşik bir küme yapısı oluşturacak biçimde bir araya getirilmesi ile oluşturulmuş olan bu hesaplama ortamında bilimsel önemi olan moleküllerin yapısal ve spektroskopik özellikleri, onların ortamla olan etkileşmeleri Kuantum Mekaniksel hesaplamalara dayalı moleküller simülasyonlar yoluyla teorik incelenmektedir; bu incelemeler ağırlıklı olarak ilaç etken maddesi olarak kullanılmakta olan molekül yapıları üzerinde yürütülmektedir. 

Kuantum mekaniksel hesaplamalara dayanan Moleküler Simülasyon yöntemi, günümüzde moleküllerin yapısal ve kimyasal özelliklerinin aydınlatılmasında en etkili ve güvenilir yollarından birisi olarak kabul edilir. Yüksek başarımlı hesaplama (HPC) ortamında, Semi emprical, Ab-initio ve Density Functional Theory sınıfında yer alan hesaplama metodları kullanılarak gerçekleştirilen hesaplamalar incelemeye konu olan moleküllerin üç boyutlu uzaysal yapılarını, molekül içi yük dağılımlarını, molekül içi ve moleküller arası yük transferlerini ve etkileşmeleri, moleküllerin spektral özelliklerini ve yapı-fonksiyon ilişkilerini doğru ve detaylı olarak belirleme imkanı sağlamaktadır.

Yukarıda belirtilen moleküler özellikler, anabilim dalımızdaki Moleküler Simülasyon Laboratuvarında bulunan, bir master sunucu ve buna bağlı yedi hesaplama sunucusundan (işlemci tipleri : Intel-itanium ve Amd-opteron) oluşan HPC sisteminde, Gaussian03 isimli bilgisayar yazılımı kullanılarak başarılı biçimde analiz edilebilmektedir. Bu HPC sistem, Linux işletim sistemini kullanan, paralel hesaplama özelliğine sahip bütünleşik bir yapı olup, orta boyutlu moleküllerin modellenmesi amacıyla tasarlanmıştır ve kanser ilaçları içinde etken madde olarak kullanılan moleküllerin yapısal ve spektroskopik özelliklerinin  aydınlatılması amacıyla yürütmekte olduğumuz bilimsel çalışmalarımızda yoğun ve kesintisiz bir biçimde kullanılmaktadır.