İstanbul Üniversitesi
Research Laboratories Information System
Research Laboratories Information System
Çevresel DNA (eDNA) Analiz Laboratuvarı
Çevresel DNA (eDNA) Analiz Laboratuvarı
eDNA, bir organizmanın çevresine bıraktığı gamet, ölü deri hücreleri, dışkı, idrar, mukoza gibi su, çökelti veya toprak örnekleriyle ortamdan toplanabilen genetik materyali (nükleer, mitokondriyal veya kloroplast DNA) ifade eder. eDNA, doğal ortamlardan alınan örneklerdeki genetik materyali analiz ederek çevresel değişiklikleri ve biyolojik çeşitliliği ortaya çıkarmak, geleneksel ekolojik araştırma yöntemlerini güçlendirmek veya yönlendirmek için kullanılabilen bilimsel bir yöntemdir. eDNA uygulamaları, zaman alıcı ve yoğun emek gerektiren, tespiti zor olan veya düşük popülasyon bolluğuna sahip türlerin dağılımını belirleme konusunda geleneksel yöntemlere kıyasla yüksek hassasiyet ve doğrulama yeteneği sunar. Bu nedenle, eDNA yöntemleri biyolojik çeşitlilik ve ekosistem sağlığı hakkında daha güvenilir bilgiler elde etme konusunda önemli bir araçtır.
İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi, Astronomi ve Uzay Bilimleri Bölüm Binası -1 Kat, 34119 Beyazıt Kampüs Fatih / İstanbul
Toplam kullanılan BAP Kaynağı: 67.716,00 TL
eDNA, bir organizmanın çevresine bıraktığı gamet, ölü deri hücreleri, dışkı, idrar, mukoza gibi su, çökelti veya toprak örnekleriyle ortamdan toplanabilen genetik materyali (nükleer, mitokondriyal veya kloroplast DNA) ifade eder. eDNA, doğal ortamlardan alınan örneklerdeki genetik materyali analiz ederek çevresel değişiklikleri ve biyolojik çeşitliliği ortaya çıkarmak, geleneksel ekolojik araştırma yöntemlerini güçlendirmek veya yönlendirmek için kullanılabilen bilimsel bir yöntemdir. eDNA uygulamaları, zaman alıcı ve yoğun emek gerektiren, tespiti zor olan veya düşük popülasyon bolluğuna sahip türlerin dağılımını belirleme konusunda geleneksel yöntemlere kıyasla yüksek hassasiyet ve doğrulama yeteneği sunar. Bu nedenle, eDNA yöntemleri biyolojik çeşitlilik ve ekosistem sağlığı hakkında daha güvenilir bilgiler elde etme konusunda önemli bir araçtır.
Çevresel DNA Laboratuvarı'nın kuruluş amacı sularımızdaki zararlı alg artışları (HAB), biyotoksin üreticileri ve algal toksinlerin moleküler karakterizasyonu üzerine PCR-temelli klonlama, yeni nesil dizileme, filogenetik, metagenomik ve çevresel DNA (eDNA) analizi konularında araştırmalar yapmaktır. Türkiye'de ilk kez bentik dinoflagellatlar üzerine moleküler ve toksikolojik karakterizasyona dayalı çalışmalar laboratuarımızda yürütülen araştırma projeleri ile gerçekleştirilmektedir.
İşbirlikleri ve Projeler:
İ.Ü. Deniz Bilimleri Enstitüsü, İ.Ü. Fen Fakültesi ile yurt içi; Alfred Wegener Kutup ve Deniz Araştırmaları Enstitüsü (Almanya). TÜBİTAK ve BAP destekli Ar-Ge projeleri yürütülmektedir.
- Batı Karadeniz, Marmara Denizi ve Ege Denizi'nin Kuzeyinde Bentik / Epifitik Dinoflagellatların Morfolojik, Moleküler ve Toksikolojik Karakterizasyonu (TÜBİTAK 121Y389).
- Mikroalg-Bakteri Mikrobiyomunun Müsilaj Oluşumu Ve Biyokütle Üretimine Etkisi (TÜBİTAK 12G028).
- Kuzeydoğu Marmara Denizi'nde Bulunan Potansiyel Zararlı ve/veya Toksik Fitoplankton Türlerinin Morfolojik, Genetik ve Toksikolojik Özelliklerinin Belirlenmesi (122Y440).
Türkiye'nin Kıyı Sularında ve Kutup Bölgelerinde Bulunan Zararlı Mikroalg Türlerinin ve Bu Türlerin Ürettikleri Toksinlerin Değerlendirilmesi (Habtupore) (TÜBİTAK 123N588).
- Türk Kıyı Sularından İlk kez Saflaştırılarak Plankton Kültür Koleksiyonuna Katılan Dinoflagellat Türlerinin Taramalı Elektron Mikroskobu ile Belirlenmesi (İ.Ü. BAP FBA-2023-40242).
İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi, Astronomi ve Uzay Bilimleri Bölüm Binası -1 Kat, 34119 Beyazıt Kampüs Fatih / İstanbul
Toplam kullanılan BAP Kaynağı: 67.716,00 TL
Environmental DNA (eDNA) Analysis Laboratory
eDNA refers to the genetic material (nuclear, mitochondrial or chloroplast DNA) that can be collected from the environment by water, sediment or soil samples such as gametes, dead skin cells, feces, urine, mucosa that an organism leaves in its environment. eDNA is a scientific method that can be used to reveal environmental changes and biodiversity by analyzing genetic material in samples taken from natural environments, and to strengthen or direct traditional ecological research methods. eDNA applications offer high sensitivity and confirmatory ability compared to traditional methods for determining the distribution of species that are difficult to detect or have low population abundance, which is time-consuming and labor-intensive. Therefore, eDNA methods are an important tool for obtaining more reliable information about biodiversity and ecosystem health.
İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi, Astronomi ve Uzay Bilimleri Bölüm Binası -1 Kat, 34119 Beyazıt Kampüs Fatih / İstanbul, Türkiye
Total resource (BAP): 67.716,00 TL
eDNA refers to the genetic material (nuclear, mitochondrial or chloroplast DNA) that can be collected from the environment by water, sediment or soil samples such as gametes, dead skin cells, feces, urine, mucosa that an organism leaves in its environment. eDNA is a scientific method that can be used to reveal environmental changes and biodiversity by analyzing genetic material in samples taken from natural environments, and to strengthen or direct traditional ecological research methods. eDNA applications offer high sensitivity and confirmatory ability compared to traditional methods for determining the distribution of species that are difficult to detect or have low population abundance, which is time-consuming and labor-intensive. Therefore, eDNA methods are an important tool for obtaining more reliable information about biodiversity and ecosystem health.
The purpose of establishing the Environmental DNA Laboratory is to conduct research on harmful algal blooms (HABs), biotoxin producers and molecular characterization of algal toxins in our waters, PCR-based cloning, next generation sequencing, phylogenetics, metagenomics and environmental DNA (eDNA) analysis. For the first time in Turkey, studies based on molecular and toxicological characterization on benthic dinoflagellates are carried out through research projects carried out in our laboratory.
Collaborations and Projects:
I.U. Institute of Marine Sciences, I.U. Domestic with the Faculty of Science; Alfred Wegener Institute for Polar and Marine Research (Germany). R&D projects supported by TÜBİTAK and BAP are carried out.
- Morphological, Molecular and Toxicological Characterization of Benthic / Epiphytic Dinoflagellates in the Western Black Sea, Marmara Sea and Northern Aegean Sea (TÜBİTAK 121Y389).
- Effect of Microalgae-Bacteria Microbiome on Mucilage Formation and Biomass Production (TÜBİTAK 12G028).
- Determination of Morphological, Genetic and Toxicological Characteristics of Potential Harmful and/or Toxic Phytoplankton Species Found in the Northeast Marmara Sea (122Y440).
Evaluation of Harmful Microalgae Species Found in Coastal Waters and Polar Regions of Turkey and the Toxins Produced by These Species (Habtupore) (TÜBİTAK 123N588).
- Determination of Dinoflagellate Species Purified from Turkish Coastal Waters for the First Time and Added to the Plankton Culture Collection by Scanning Electron Microscopy (I.U. BAP FBA-2023-40242).
İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi, Astronomi ve Uzay Bilimleri Bölüm Binası -1 Kat, 34119 Beyazıt Kampüs Fatih / İstanbul, Türkiye
Total resource (BAP): 67.716,00 TL
Cihaz Adı : HOMOJENİZATÖR
Marka : Bullet Blender
Model : Storm BBY24M
Teknik Özellik : Aynı anda 24 örneğe kadar homojenleştirir. 1,5 ml ile uyumlu ve 2 ml'lik tüpler. RINO® vidalı kapaklı tüplerdeki numuneleri homojenize edebilir. Air Cooling™ sistemli.
Miktar : 1
Cihaz Kaynağı : BAP
Alım Tarihi : 05/06/2022Cihaz Adı : MİKRO SANTRIFÜJ
Marka : Weightlab
Model : WN-CM15
Teknik Özellik : Yüksek Hızlı Mikro Santrifüj, 15.000rpm/15.600g, for12x 1.5‐2.0mL tubes rotor dahil
Miktar : 1
Cihaz Kaynağı : TÜBİTAK
Alım Tarihi : 05/06/2022Cihaz Adı : JEL GÖRÜNTÜLEME SİSTEMİ
Marka : SCILOGEX
Model : FASTGEL Portable Imaging System
Teknik Özellik : Taşınabilir kompakt tasarım. Cep telefonu uygulaması sayesinde görüntüleme yapılabilmektedir.
Miktar : 1
Cihaz Kaynağı : TÜBİTAK
Alım Tarihi : 05/06/2022Cihaz Adı : MIKRO SANTRIFÜJ
Marka : Capp Rondo
Model : CR-68X
Teknik Özellik : Capp Rondo Microcentrifuge w/adjustable speed and timer 6.000rpm 8 x 1.5/2.0mL & 2‐place PCR strip rotor dahil
Miktar : 1
Cihaz Kaynağı : TÜBİTAK
Alım Tarihi : 05/06/2022Cihaz Adı : Elektroforez
Marka : EU Plug Consort Elektroforez Sistemi
Model : CON-EV2650
Teknik Özellik : Consort Yatay Elektroforez Sistemi & Güç Kaynağı
Miktar : 1
Cihaz Kaynağı : TÜBİTAK
Alım Tarihi : 13/03/2022Cihaz Adı : Termal Döngü Cihazı (PZR)
Marka : BLUERAY BİOTECH THERMAL CYLCLERBRY
Model : BRY-TCLT-9620
Teknik Özellik : Dijital kontrol panelli termal döngü cihazı
Miktar : 1
Cihaz Kaynağı : TÜBİTAK
Alım Tarihi : 13/03/2022Cihaz Adı : BİYOGÜVENLİK KABİNİ
Marka : NUVE
Model : MN120
Teknik Özellik : MİKROBİYOLOJİK EMNİYET KABİNİ (CLASS II)
Miktar : 1
Cihaz Kaynağı : TÜBİTAK
Alım Tarihi : 29/11/2021Cihaz Adı : Derin Dondurucu (-20)
Marka : UĞUR
Model : UED 7246
Teknik Özellik : Çekmeceli
Miktar : 1
Cihaz Kaynağı : TÜBİTAK
Alım Tarihi : 29/11/2021
- Makale & Yayın (0)
- Sanayi İşbirliği (0)
- Patent (0)
- Dış Kaynaklı Çalışma (0)
- Faydalı Model (0)
- Ticarileşme (0)
- Proje (0)
No records found.
| Adı | Açıklama | Ekip |
|---|---|---|
| No records found. | ||
| Adı | Açıklama | Ekip |
|---|---|---|
| No records found. | ||
| Adı | Açıklama | Ekip |
|---|---|---|
| No records found. | ||
| Adı | Açıklama | Ekip |
|---|---|---|
| No records found. | ||
| Adı | Açıklama | Ekip |
|---|---|---|
| No records found. | ||
| Tip | Adı | Açıklama | Ekip |
|---|---|---|---|
| No records found. | |||
© 2019 İstanbul Üniversitesi
Bilgi İşlem Daire Başkanlığı